Berawal pada tahun 2002 UMSU mendirikan Prodi Magister Ilmu Hukum bekerjasma dengan Universitas Muhammadiyah Jakarta (UMJ). Prodi Magister Hukum UMSU pada waktu itu dipimpin oleh Prof. Dr. Susilawati SH, MH.
Kemudian pada tahun 2004 UMSU menambah satu prodi magister, yakni Prodi Magister Manajemen yang pendiriannya bekerjasama dengan UMJ. Ketua Prodi Magister Manajemen UMSU saat itu diketuai oleh Prof. Dr Suhendar, M.Si.
Pada tahun yang sama (2004) UMSU diberi izin untuk mendirikan Program Pascasarjana secara mandiri. Direktur pertama Pascasarjana UMSU adalah Prof. Dr. Alesyanti M.Pd M.H.
Usai berdiri secara mandiri pada tahun 2004, Program Pascasarjana UMSU terus melakukan pengembangan. Dan pada tahun 2006 Program Pascasarjana UMSU kembali menambah satu lagi program studi, yakni Program Studi Magister Komunikasi yang inisiasi pendiriannya bekerjasama dengan UMJ. Ketua Prodi Magister Ilmu Komunikasi yaitu Dr. Endang Sulastri M.Si.
Terhitung sejak tahun 2005, Program Pascasarjana UMSU terus berakselarasi melakukan pengembangan. Hal ini ditandai dengan penguatan pengelolaan secara mandiri Prodi Magister Ilmu Hukum (MIH) yang diketuai oleh Dr. H. Darwinsyah Minin SH M.Hum dan Sekretaris: Prof. Dr. Arifin Gultom M.Hum.
Beberapa tahun kemudian, Program Pascasrjana UMSU semakin berkembang. Pada tahun 2009 Program Pascasarjana UMSU Kembali diberikan izin mendirikan dan mengelola 3 program studi baru, yakni; Magister Kenotariatan/MKn (Ketua: Dr. Surya Perdana M.Hum, Sekretaris: Dr. Ahmad Fauzi M.Hum), Magister Ilmu Komunikasi/MIKOM (Ketua: Dr. Iskandar Zulkarnain M.Si, Sekretaris: Dr. Rudianto M.Si) dan Magister Manajemen/MM (Ketua: Drs. Efendi Pakpahan MM, Sekretaris: Drs. Muis Fauzi Rambe, MM)
Pada tahun 2011, Program Pascasarjana UMSU Kembali diberi izin membuka prodi baru, yakni prodi Magister Akuntansi (Ketua: Dr. Widia Astuti SE M.Si, QIA, Sekretaris: Hafsah SE M.Si).
Pada Tahun 2016 Program Pascasrjana UMSU Kembali membuka 3 prodi baru, yakni; Magister Manajemen Pendidikan Tinggi/MMPT (Ketua: Dr. Sulhati Syam, Sekretaris: Dr. Indra Prasetya M.Pd), Magister Pendidikan Matematika/MPM (Ketua: Dr. Irfan M.Pd, Sekretaris: Dr. Zulfi Amri M.Si) dan Magister Elektro (Ketua: Dr. Fitra Jambak MT, Sekretaris: Rohana ST, MT, )